Vào ngày 4 tháng 8 năm 2006, WWE đã thông báo rằng Jeff Hardy đã ký kết lại với công ty. Trong tuần lễ đó, Jeff Hardy đã hâm nóng không khí buồn tẻ bằng sự trở lại của mình vào ngày 21 tháng 8, 2006 trong chương trình RAW'. Trong chương trình đó, anh đã đánh bại Edge bằng DisQualification. Sau nhiều lần thua trong những trận giành đai Intercontinental Championship từ tay Johnny Nitro trong vài tuần sau đó, bao gồm cả trận đấu tại Unforgiven 2006, Jeff Hardy cuối cùng cũng đã đánh bại Nitro và lấy được đai Intercontinental Championship vào ngày 2 tháng 10, 2006 trong chương trình RAW. Vào show RAW ngày 6 tháng 11, 2006 Hardy đã để mất đai Intercontinental Championship vào tay Johnny Nitro, sau khi Nitro dùng đai Intercontinental Championship để tấn công anh. Chỉ ngay tuần sau khi mất đai, anh đã giành lại được tại show RAW vào ngày 13 tháng 11, 2006 sau 3 tiếng đếm của trọng tài. Đánh dấu lần thứ 3 Hardy trở thành Intercontinental Champion.

Nhưng khoảng 2 tháng sau đó, anh đã bị Umaga Người bất bại lấy đai Intercontinental Championship do Vince McMahon sắp đặt. Vì Umaga là người Vince McMahon chọn để đấu với Bobby Lashley (người do Donald Trump chọn để đấu với Umaga trong trận Battle of The Billionairs và ai (Vince McMahon hay Donald Trump) thua sẽ bị người kia cạo đầu. Nhưng vào ngày 2 tháng 4 Jeff Hardy cùng với người anh la Matt Hardy, giành được WWE World Tag Team Champion lần thứ sáu từ John Cena và Shawn Micheals.Tuy vậy họ bị Cade và Murdoch lấy đai vào ngày 4 tháng 6 trong 1 chương trình RAW. Họ có cơ hội lấy đai tại WWE Vengeance nhưng thất bại.Vào ngày 3 tháng 9 năm 2007 anh đã đánh bại Umaga để lần thứ 4 lấy được đai Intercontinental Champion.Cuối cùng anh đã để mất Intercontinental Champion vào tay Y2J Chris Jericho Sau đó anh được chuyển qua Smackdown và bắt đầu tranh đai với Triple H nhưng không thành.Sau nhiêu lần anh ta bi thua Triple H nhưng Edge đã lấy được đai WWE Champion sau đó Edge đánh một trận giành đai Triple H VS Jeff Hardy VS Edge va Hardy chiến thắng và trở thành WWE Champion. Nhưng sự may mắn không ở lại lâu với anh, ở Royal Rumble, anh đã phải đấu với Edge một trận No DQ để giữ đai WWE Championship của mình và anh đã thua do bị anh trai của mình là Matt Hardy lên và cho anh ta một cái đánh của chiếc ghế sắt vào đầu và bị pin bởi Edge nhưng anh ta vẫn còn cơ hội. Ở No Way Out, anh đã được chọn vào ván đấu Elimination Chamber (một trận đấu lồng sắt với 6 người trong đó) để lấy đai WWE Championship cùng với Vladimir Cozlov, Big Show, The Undertaker, Edge và Triple H nhưng anh đã bị loại do dính tuyệt chiêu cuối của The Undertaker là Tombstone. Anh vẫn không bỏ cuộc nên anh vẫn tiếp tục theo đuổi đai WWE Championship và điều đó bắt đầu ở việc là anh đã cố gắng thắng Shelton Benjamin trong trận Money In The Bank Qualilfing Match tại Smackdown nhung anh vẫn không thuận lợi vì anh đã tiếp tục thua do anh trai mình Matt Hardy một lần nữa. Bây giờ anh đãcó một trận để đấu với anh trai mình là Matt Hardy tại The 25th Anniversary of WretleMania. Tại WrestleMania 25, trong trận đấu Extreme Rules với người anh trai Matt Hardy, anh đã để thua. Tại Backlash, anh đã thắng được Matt Hardy. Tại Judgment Day, anh đã tham gia trận tranh đai World Heavyweight Championship với Edge, nhưng cũng đã bị thua. Vào một show SmackDown, anh tham gia trận Fatal Four Way để giành một suất tranh đai World Heavyweight Championship với Edge tại Extreme Rules, và đã thắng Rey Mysterio, Kane và Chris Jericho để gặp Edge tại Extreme Rules. Ở đây, anh đã thắngEdgevà giành đai World heavyweightvà sau đó, CM Punk mang money in the banklên. Đòi tranh đai của anh, Cm punk choi choi chiêu cuối nhưng anh vẫn không chịu thua. Anh đã pinCm Punknhưng không thành công. Cuối cùng Cm Punk đã chơi lại chiêu đó một lần nữa và anh đã thua vì bị hao tổn sức khỏe nhiều rồi.Hai người bắt đầu mối thù từ đâyTrong một show smackdown, anh và Edge đã đánh nhau. Edge cố tình đẩy anh vào Cm Punk, Cm Punk đã lao lên võ đài đánh Edge và anh đã bị thua. Sau đó, chủ tịch quản lý smackdown đã có quyết định một trận tranh đai world heavyweight championship Edge vs Jeef Hardy andCm punk. Nhưng sau nghi anh swantond lên edge thi` CM Punk đã lôi chân hardy xuống và pin edge và Cm punk một lần nữa giành chiến thắng.Đến WWE The Bash, anh lại đấu với CM Punk để tranh đai. Nhưng CM Punk lại bi đau mắt và sau đó cố tình đá vào lưng trọng tài để thua bằng DQ nhưng vẫn giữ được đai của mìnhTới WWE Night Of Champions, anh đã sử dụng chiêu Swanton Bomb với CM Punk và đã giành được chiến thắng sau 3 tiếng đếm của trọng tài và lần đầu tiên đoạt được danh hiệu World Heavy ChampionshipTại PPV Summer Slam anh đã để mất danh hiệu World Heavy Weight Championship vào tay CM Punk tại thể loại Table, Ladder, Chair Match. Tại show Smack Down sau đó 1 tuần anh đã thua CM Punk tại World HeavyWeight Chapionship trong thể loại Steel Cage Match và không còn cách nào khác, anh phải rời khỏi WWE nhưng thực tế là anh đã mắc phải một chấn thương ở cổ và vùng lưng và vẫn trong giai đoạn điều trị do Swaton Bomb vào CM Punk trên một chiếc thang tại PPV Summer Slam. Để người hâm mộ không nóng lòng, anh trai Jeff, Matt Hardy, đã tuyên bố trên trang Twitter rằng Jeff sẽ trở lại trong thời gian sớm nhất vào năm 2010. Đến tháng 1 năm 2010, Jeff đã đến TNA, trái ngược với những tin đồn do các fan của anh đưa ra trên You Tube và Twitter. Hợp đồng mới của anh tại TNA có thời hạn trong vòng 1 năm, Jeff vẫn đang do dự có nên ký hợp đồng mới với TNA hay không, nhưng nếu anh hợp tác với TNA, anh sẽ không thể trở lại tại Wrestlermania 27 (tức năm 2011).